Proses sertifikasi Halal berdasarkan alur BPJPH adalah sebagai berikut:
- Mendaftarkan diri sebagai Pemohon dengan melampirkan sejumlah persyaratan dokumen (terdiri dari data pelaku usaha, nama dan jenis produk, daftar produk dan bahan yang digunakan, dan proses pengolahan produk)
- BPJPH akan meneliti seluruh persyaratan-persyaratan yang diajukan Anda
- Anda menentukan LPH untuk memeriksa produk yang dijual atau dimakan
- LPH akan melakukan pemeriksaan atau pengujian produk yang dijual atau dimakan, kemudian hasilnya diserahkan ke MUI untuk mendapatkan fatwa halal sebuah produk. LPH adalah lembaga yang melakukan kegiatan pemeriksaan dan/atau pengujian terhadap kehalalan produk
- Dari hasil pemeriksaan LPH, MUI melaksanakan penetapan kehalalan produk melalui sidang fatwa halal
- BPJPH selanjutnya akan menerbitkan sertifikat dan label halal berdasarkan hasil fatwa MUI.